O Atlético não conseguiu vaga direta para a fase de grupos Copa Libertadores de 2017. Na combinação de resultados da penúltima rodada do Campeonato Brasileiro, as vagas ficaram com o campeão, Palmeiras, e Flamengo e Santos, que ocupam o segundo e terceiro lugares, respectivamente. Assim, o Atlético disputará a primeira fase da Libertadores no ano que vem. A confirmação ocorreu na tarde desde domingo (27). O Galo perdeu por 2 a 1 para o São Paulo, no Independência, e chegou a 63 pontos. Já o Flamengo venceu o Santos, por 2 a 0, e alcançou 70 pontos, enquanto o time do litoral paulista chegou a 68. Como só há mais uma partida, não é possível que o Atlético supere nenhum dos dois.
Na primeira partida sem o Marcelo Oliveira e com Diogo Giacomini no comando, do Galo, o jogo no Horto começou a esquentar apenas no início da segunda metade do primeiro tempo. Aos 22 minutos, Carlos Eduardo cruzou da direita, na pequena área. Hyuri subiu sozinho, e cabeceou para as redes. O goleiro Renan Ribeiro, ex-Atlético, saiu muito mal, e não conseguiu impedir o gol.
Dois minutos depois, Patric cometeu falta próximo à entrada da grande área atleticana. O capitão são-paulino Maicon cobrou de forma irretocável, e empatou. Ele bateu por cima da barreira, à direita de Giovanni, que não teve chances. 
Depois dos gols, o São Paulo conseguiu imprimir um ritmo melhor de jogo. Aos 39 minutos, em contra-ataque, os visitantes quase marcaram pela segunda vez, mas foram impedidos por ótima atuação de Giovanni, que defendeu duas vezes.
Praticamente na sequência, o goleiro Renan Ribeiro machucou o dedo médio ao defender uma bola cabeceada por Fred (que teve atuação apagada), e foi substituído por Denis. O médico do São Paulo tentou colocar o dedo de Renan no lugar, e o goleiro urrou de dor. Renan é reserva e saiu de campo inconformado, chutando a placa de publicidade.
A dificuldade do Atlético em marcar ficou clara com os números do primeiro tempo. Enquanto o Atlético dominou a bola em 60% do tempo e finalizou apenas duas vezes, o São Paulo chutou a gol sete vezes e dominou a bola e 40% do tempo.
O segundo tempo começou pra valer aos oito minutos. Lucas Cândido finalizou forte de fora da área, Denis se esticou e evitou o gol. Na sequência, em bola de Carlos Eduardo cruzada na área são-paulina, Hyuri desviou de cabeça, com perigo para Denis, mas a bola foi pra fora.
Depois de o Atlético perder boas oportunidade de contra-ataques, aos 14 minutos o São Paulo quase marcou novamente. Na direita, Cueva lançou Luiz Araújo, que cruzou para a pequena área. Chavez cabeceou para baixo, e a bola quicou e bateu no travessão.
Aos 20 minutos, Diogo Giacomini fez a primeira substituição. Colocou o lateral Marcos Rocha no lugar do meia Carlos Eduardo. Mas a mudança não contribuiu na formação de jogadas, e Fred continuou com atuação apagada, e acabou sendo substituído aos 31, por Thalis. Logo depois o técnico tentou acertar ao retirar Hyuri e colocar Capixaba.
O gol da vitória do São Paulo saiu aos 46 minutos, dos pés de Gilberto, que entrou na segunda etapa. Em jogada rápida que nasceu na esquerda, ele chutou rasteiro, sem chance para Giovanni.